ตาม พ.ร.บ. การศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2542 ได้กำหนดมาตรฐานการศึกษา และการประกันคุณภาพการศึกษาไว้ในหมวด 6 “มาตรา 47 ให้มีระบบประกันคุณภาพการศึกษา มาตรา 48 การประกันคุณภาพภายใน เป็นส่วนหนึ่งของกระบวนการบริหาร” จาก พ.ร.บ. ดังกล่าวนี้ ได้เน้นความสำคัญของการประกันคุณภาพการศึกษา ซึ่งทุกสถาบัน จำเป็นต้องดำเนินงานให้เป็นระบบโดยเร่งด่วน มหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษมเห็นความสำคัญของการประกันคุณภาพการศึกษามานาน โดยเริ่มอบรมให้อาจารย์ นักศึกษา และบุคลากรทุกหน่วยงานของมหาวิทยาลัยได้เข้าใจในระบบการควบคุมคุณภาพ (Quality Control : QC) ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2532 ต่อมาในปี พ.ศ. 2539 มหาวิทยาลัยนำระบบการจัดการคุณภาพทั่วทั้งองค์กร (Total Quality Management : TQM) มาใช้ในการประกันคุณภาพการศึกษา โดย การอบรมอาจารย์ บุคลากร และศึกษาดูงานทั้งในประเทศและต่างประเทศ จากนั้นได้กำหนดปรัชญา วิสัยทัศน์ พันธกิจ และวัตถุประสงค์ของสำนักประกันคุณภาพการศึกษา

     พ.ศ. 2542 ได้เริ่มงานประกันคุณภาพอย่างเป็นระบบมากขึ้น แต่งตั้งคณะกรรมการประกันคุณภาพการศึกษาของมหาวิทยาลัย ปรับปรุงจากคณะกรรมการชุดเดิมเป็นคณะกรรมการ 2 ชุด คือ คณะกรรมการอำนวยการ ประกันคุณภาพการศึกษา และคณะกรรมการดำเนินงานการประกันคุณภาพการศึกษา เมื่อวันที่ 12 ธันวาคม 2542 ซึ่งได้ปรับปรุงชุดใหม่ วันที่ 27 พฤษภาคม 2543 และดำเนินการประกันคุณภาพการศึกษาในรูปแบบคณะกรรมการ โดยใช้ชื่อโครงการว่า การประกันคุณภาพการศึกษา

     คณะกรรมการดำเนินงานประกันคุณภาพการศึกษาได้ศึกษาดูงานประกันคุณภาพการศึกษาที่ มหาวิทยาลัยขอนแก่น มหาวิทยาลัยนเรศวร และมหาวิทยาลัยราชภัฏนครราชสีมา ในที่สุดมหาวิทยาลัยพิจารณาที่จะใช้ระบบการประกันคุณภาพ (Quality Assurance : QA) เพื่อการประกันคุณภาพการศึกษา โดยใช้เครื่องมือวัดผลการดำเนินงาน (Key Performance Indicator : KPI) ต่อมาในปีเดียวกันนี้ โครงการประกันคุณภาพการศึกษาได้จัดประชุมคณาจารย์ และบุคลากร โดยเฉพาะกรรมการดำเนินงานการประกันคุณภาพการศึกษาเพื่อให้เข้าใจแนวทาง และดำเนินการพัฒนาคู่มือการประกันคุณภาพการศึกษาของมหาวิทยาลัย มีการทำประชาพิจารณ์คู่มือของมหาวิทยาลัย โดยอาจารย์และบุคคลากรทั้งมหาวิทยาลัย และเพื่อความสะดวกในการดำเนินงาน ตลอดจนประสานงานของคณะกรรมการมหาวิทยาลัยได้จัดสถานที่ทำงาน คือ สถาบันโครงการประกันคุณภาพการศึกษา และแต่งตั้งคณะทำงานประจำสำนักโครงการประกันคุณภาพการศึกษาตามคำสั่งสถาบันราชภัฏ
จันทรเกษมที่ 649/2543 เมื่อวันที่ 27 พฤษภาคม 2543 เนื่องจากการประกันคุณภาพการศึกษาระยะแรกนั้นเน้นการตรวจสอบคุณภาพ

     โครงการประกันคุณภาพการศึกษาจึงได้จัดทำโครงการให้อาจารย์และบุคลากรในระดับคณะ/ศูนย์/สำนักเข้ารับการอบรมด้านการตรวจสอบคุณภาพการศึกษาภายใน ที่สำนักงานพัฒนาวิชาการจัดขึ้น ณ จังหวัดพิษณุโลก เมื่อบุคลากรทำหน้าที่เกี่ยวกับการดำเนินงานการประกันคุณภาพการศึกษาในระดับหนึ่งแล้วจึงได้มีการแต่งตั้งคณะกรรมการประกันคุณภาพการศึกษา คณะ/ศูนย์/สำนัก เขียนรายงานการศึกษาตนเองได้ทุกสิ้นปีการศึกษาเตรียมการตรวจสอบคุณภาพการศึกษาภายใน ซึ่งจะทำให้ทราบจุดอ่อนจุดแข็งในการปฏิบัติงานของหน่วยงาน และนำมาพัฒนาขึ้นทุกๆ ปี จนกระทั่งพร้อมที่จะรับการตรวจประเมินและรับรองจากหน่วยงานภายนอกต่อไป

     สำนักงานประกันคุณภาพการศึกษาของมหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม จัดตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2543 เพื่อให้มีระบบการประกันคุณภาพการศึกษาของสถาบันตามพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2542 กำหนดไว้ในหมวด 6 มาตรา 47, มาตรา 48 และมาตรา 50 และได้แต่งตั้งคณะทำงานประจำสำนักงานประกันคุณภาพการศึกษาตามคู่มือปฏิบัติงานสำนักประกันคุณภาพการศึกษา คำสั่งสถาบันราชภัฏจันทรเกษมที่ 649/2543 ลงวันที่ 27 พฤษภาคม 2543 เป็นชุดแรก โดยมี รศ.ดร.นาฏสุดา  เชมนะสิริ เป็นผู้อำนวยการสำนักงานประกันคุณภาพการศึกษา

     เดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2543 รศ.ดร.นาฏสุดา  เชมนะสิริ ไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการสำนักวางแผนและพัฒนา และเพื่อให้งานประกันคุณภาพการศึกษาดำเนินไปด้วยดี มหาวิทยาลัยได้แต่งตั้ง ผศ.ลัดดา
ยุพกรณ์ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการสำนักงานประกันคุณภาพการศึกษาแทน

     พ.ศ. 2545 ผศ.ลัดดา  ยุพกรณ์ ได้ลาออกจากตำแหน่งผู้อำนวยการสำนักงานประกันคุณภาพการศึกษา มหาวิทยาลัยได้แต่งตั้ง อาจารย์สุชีลา  เตชาภิวัฒน์พันธุ์ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการสำนักงานประกันคุณภาพการศึกษา

     พ.ศ. 2548-2551 มหาวิทยาลัยได้แต่งตั้ง ผศ.สุณี  ตันติกุล ดำรงตำแหน่งผู้ช่วยอธิการบดี ฝ่ายสวัสดิการและประกันคุณภาพการศึกษา

     พ.ศ. 2551 มหาวิทยาลัยได้แต่งตั้ง ผศ.สุพัตรา  ทรงงามทรัพย์ ดำรงตำแหน่งผู้ช่วยอธิการบดี ฝ่าย ประกันคุณภาพการศึกษาและวิชาการศึกษาทั่วไป

     พ.ศ. 2552-2554 มหาวิทยาลัยได้แต่งตั้ง อาจารย์พัชมณ  ใจสอาด ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการสำนัก ประกันคุณภาพการศึกษา

     พ.ศ. 2554 มหาวิทยาลัยได้แต่งตั้ง อาจารย์วราภรณ์  นิลนนท์ ดำรงตำแหน่งรักษาการผู้อำนวยการ สำนักประกันคุณภาพการศึกษา

     พ.ศ. 2554 มหาวิทยาลัยได้แต่งตั้ง ผศ.ดร.สันทนา  วิจิตรเนาวรัตน์ ดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการสำนักประกันคุณภาพการศึกษา

     พ.ศ. 2556 มหาวิทยาลัยได้แต่งตั้ง อาจารย์สุรชาติ  รัชตโภคิน ดำรงตำแหน่ง รองผู้อำนวยการสำนักประกันคุณภาพการศึกษา

     พ.ศ. 2558 อาจารย์สุรชาติ  รัชตโภคิน ได้ลาออกจากราชการ มหาวิทยาลัยได้แต่งตั้ง ดร.ชนกานต์  สุวรรณทรัพย์ ดำรงตำแหน่ง รองผู้อำนวยการสำนักประกันคุณภาพการศึกษา

     พ.ศ. 2561 - ปัจจุบัน ผศ.ดร.สันทนา  วิจิตรเนาวรัตน์ เกษียญอายุราชการ มหาวิทยาลัยได้แต่งตั้ง ดร.ชนกานต์  สุวรรณทรัพย์ ดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการสำนักประกันคุณภาพการศึกษา